by と言えば「そば、わき、近く」ですよね

でも手段を表す by は僕にとって謎でした

I passed the exam by working hard.（一生懸命とりくむことによって）

この「～することによって」という by の意味は

目標よりも手段のほうが近く、そばにあるから

なのです

by myself そばにいるのは自分だけなので「独力で」

go to school by bus 学校よりバス（手段）のほうが近くにあるので「交通手段」

increased by 20% 比較対象の100％のわきに20％があるので「差分」（20％増えた）

little by litte 少しのとなりに少しが並んでいるので「少しずつ」

これでby はすべて納得です